협동조합이 출자금을 등기하는 경우에는 등록면허세를 납부하여야 한다. 등록면허세가 112,500원에 미달하는 경우에는 등록면허세 최저한세로 112,500원(대도시는 337,500원)을 부담하여야 한다. 협동조합은 조합원의 가입과 탈퇴가 자유롭기 때문에 출자금 증·감이 계속적·반복적으로 이루어져 거의 매년 출자금 등기를 하여야 하는데, 등록면허세 최저한세는 협동조합에게 많은 부담을 주고 있다. 협동조합의 재무 상태는 소상공인이나 창업 중소기업보다 열악하지만 매년 등록면허세 최저한세로 112,500원(대도시는 337,500원)을 납부한다. 이는 소상공인이나 창업 중소기업보다 협동조합이 등록면허세를 더 많이 납부하는 문제점이 있다. 이러한 문제점을 개선하고 협동조합의 부담을 완화하기 위해서는 등록면허세 과세를 완화해야 할 필요성이 있다.
협동조합의 등록면허세 과세완화 방안은 대도시에서 협동조합을 설립하는 경우에 부담하는 등록면허세 중과세에 대한 완화방안과 협동조합의 출자금 등기에 대한 등록면허세 과세완화 방안이 있다. 대도시에서 협동조합 및 사회적 협동조합을 설립하는 경우에는 「지방세법」 제28조 제2항을 개정하여 등록면허세가 중과세되지 않도록 하여야 할 것이다. 협동조합의 출자금 등기에 대해서는 단기적인 측면에서는 기타 등록면허세율로 과세하고 중·장기적인 측면에서는 「지방세법」을 개정하여 등록면허세 과세를 완화하여야 할 것이다.

주제어: 협동조합, 출자금, 등록면허세, 등록면허세 최저한세, 변경등기