본 보고서에서는 변동직불금 지급 체계 개정과 관련하여 국회에 계류 중인 2건의 법안의 재정수반요인에 따른 소요비용을 추계하였다. 수확기 쌀 가격 등 추계에 중요한 변수가 일정한 추세를 보이지 않고 있기 때문에, 표본연도를 2007년으로 설정하고 수확기 쌀 가격, 지급 면적 등을 조정하여 이를 기준으로 연간 소요비용을 추계하는 방법을 취하였다.
첫째, 목표가격 산정시 쌀 생산비를 고려하도록 하는 재정수반요인의 경우, 이에 따라 인상될 목표가격을 추정하기 어려워 3가지 방안으로 나누어 추계하였다. 목표가격이 171,085원 / 80kg이 되는 경우 연간 423억원, 172,396원 / 80kg이 되는 경우 연간 976억원, 210,000원 / 80kg이 되는 경우 연간 1조 6,847억원이 추가로 소요될 것으로 추계되었다. 일부 농민단체에서 목표가격이 최하 210,000원 / 80kg은 되어야 한다고 주장하고 있는데, 이 경우 재정에 미치는 영향이 상당히 큰 것으로 나타났다.
둘째, 정부 보전율을 현행 85%에서 90%로 인상하는 재정수반요인의 경우 연간 413억원이 추가로 소요될 것으로 추계되었다.
셋째, 광역자치단체별로 쌀 가격을 별도로 구하여 변동직불금을 지급하는 경우 연간 1,218억원이 소요될 것으로 추계되었다. 그런데 이러한 재정수반요인은 지역별로 유·불리가 다르게 나타나고 브랜드 쌀 개발 등 자체적인 소득 향상 노력을 저해할 수 있는 문제가 있으므로 신중한 검토가 필요할 것으로 생각된다. 실제 지역별로 살펴보면 인천, 경기, 강원지역이 가장 큰 손해를 보는 세지역으로 나타났고 연간 손해액은 각각 21억원, 143억원, 59억원이었다. 혜택을 가장 크게 보는 세 지역은 충남, 전북, 전남이었고 연간 이익은 각각 379억원, 328억원, 356억원이었다.