공공기관 정부지원사업을 중점 평가한 결과, 정부가 수지차 보전기관을 지정하는 기준이 명확하지 않고 실효성이 미흡하여 체계화할 필요가 있으며, 정부가 출자기관으로부터 받는 배당수입 예산은 결산에 비해 적게 책정되고 있어, 정부출자수입 예산안을 정확하게 편성할 필요가 있다. 또한 은행형 금융공공기관은 특정기업에 집중된 여신으로 재무건전성이 악화되고 있어, 부실 여신에 대한 책임 소재를 규명하고 추가적으로 발생할 수 있는 부실 가능성에 대비할 필요가 있다. 한편, 국토개발, 사회·문화 등 주요 분야의 각 공공기관들이 시행하고 있는 정부지원사업은 사업의 계획이나 성과를 면밀히 검토하여 개선할 필요가 있다.