2011년 현재「공공기관의 운영에 관한 법률」에 의해 공공기관으로 지정된 기관은 286개가 있습니다.  공공기관은 정부를 대신하여 공익적 기능을 수행하는 과정에서 손실이 발생할 수 있습니다. 이 때문에 일부 공공기관의 설립근거법에는 공공기관의 손실을 정부가 보전해주는 손실보전 조항을 두고 있습니다. 특히 정부가 “보전할 수 있다”는 손실보전 임의조항이 아니라 “보전한다”는 손실보전 의무조항인 경우에는 사실상 정부가 공공기관 발행채권을 간접적으로 보증하는 효과가 발생합니다.
    최근 공기업 부채가 급증하고 있어 이에 대한 국회와 국민의 관심이 증가하고 있으며, 유동성 위기를 겪은 한국토지주택공사의 신용보강을 위해서 2010년 12월 한국토지주택공사법에 손실보전 의무조항을 신설하기도 했습니다.
    국가재정법은 국가보증채무를 엄격히 관리하기 위해서「국가보증채무관리계획」을 국회에 제출하도록 규정하고 있습니다. 그러나, 정부가 의무적으로 손실을 보전해주는 공공기관의 경우 국가가 공공기관 발행채권을 간접적으로 보증하는 것임에도 불구하고, 국가의 관리 대상이 되고 있지 않습니다. 특히, 손실보전 공공기관 발행채권은 국가보증채의 6.8배에 달하고 있으며, 국가채무나 일반적인 공기업 부채보다 더 빠른 속도로 증가하고 있고, 향후 공사채 수요증가로 인해 발행량도 더욱 증가할 것으로 예상되고 있습니다. 그러므로 손실보전 의무조항 공공기관이 발행한 채권의 경우 일반적인 공공기관 부채보다 좀더 엄격하게 관리할 필요가 있습니다.
    투명한 재정운용과 건전재정의 기틀을 확립하는 것을 목적으로 하는 국가재정법의 입법취지를 생각해볼 때 손실보전 공공기관 발행채권에 대해서도 국가보증채와 유사한 수준의 관리를 하는 것이 바람직합니다.